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《神农本草经》相传为神农所作，但并非出自一人之手，约成书于200年，原书早己亡佚，本书系孙星衍待从《太平御览》、《大观本草》、《证类本草》中辑佚而成。《神农本草经》，简称《本经》，是我国现存最早的一部药学专著。关于其著作年代及作者，由于《帝王世纪》有：“炎帝神农氏……尝味草木，宜药疗疾，著本草四卷”之说，故使人认为《本经》作者是神农。如北齐颜之推《家训》即谓“本草神农所述”。但神农在历史上是传说中的人物，况且在神农时代尚未有文字，因此不能认为是神农所著。据梁代陶弘景在《本草经集注》序中谓：“本经所出郡县，乃后汉时制，疑系仲景、元化等所记”。宋代掌禹锡在《嘉祐补注本草》序中谓：“上世未著文字，师学相传，谓之本草。两汉以来名医益众，张机、华伦辈始因古学，附以新说，通为编述，《本经》由是见于经录”。南宋王应麟在《困学纪闻》中谓：“神农作本草非也。三五之世，朴略之风，史氏不繁，纪录无见。斯实后医工知草木之性，托名炎帝耳。”近代梁启超在《古书真伪及其年代》中说：“此书在东汉三国间已有之，至宋、齐间则已立规模矣。著者之姓名虽不能确指，著者之年代则不出东汉末讫宋、齐之间”。故现代学者，一般都认为《本经》为东汉末年（约公元200年）之作品，非一人之手笔，是集体所创作，而托名于神农。正如 《淮南子?修务训》所说：“世俗之人，多尊古而贱今，故为道者必托之于神农、黄帝，而后始能人说”，所以《本经》上冠以神农二字，亦即此故。
《本经》载药365种，其中有植物药252种，动物药67种，矿物药46种（此据顾观光辑本统计之数，其他各本，互有出入）。根据药物的性能和使用目的，分为上、中、下三品。上品120种，无毒。大多属于滋补强壮之品，如人参、甘草、地黄、大枣等，可以久服。中品120种，无毒或有毒，其中有的能补虚扶弱，如百合、当归、龙眼、鹿茸等；有的能祛邪抗病，如黄连、麻黄、白芷、黄芩等。下品125种，有毒者多，能祛邪破积，如大黄、乌头、甘遂、巴豆等，不可久服。
《本经》对每味药所记载的内容，有性味、主治、异名及生长环境。如“当归味甘温，主咳逆上气，温疟寒热洗洗在皮肤中，妇人漏下，绝子，诸恶疮疡金疮，煮饮之。一名干归。生川谷”。这些内容以当时的水平来衡量，是比较切实的。
《本经》不仅记载着365种药的性味、主治等内容，还在其《序录》中简要地提出：“药有酸咸甘苦辛五味，又有寒热温凉四气及有毒无毒。”“疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消以吐下药……各随其所宜”等基本理论及用药原则，并总结了 “药有君臣佐使”，“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者”等药物配伍方法。为保证药物质量，还指出要注意药物的产地，采集药物的时间、方法、真伪。制成各种剂型，要随药性而定。用毒药应从小剂量开始，随病情的发展而递增。服药时间应按病位所在确定在食前、食后或早晨、睡前服药。这些对临床用药均有一定的指导意义。
《本经》是汉以前劳动人民在实践中所积累的用药经验的总结，它将药物分为上、中、下三品，是中药学按功用分类之始。它所述的药物主治大部分是正确的，有一定的科学价值。如水银治疥疮、麻黄平喘、常山治疟、黄连治痢、牛膝坠胎、海藻治瘿瘤。不但确有实效，而且有一些还是世界上最早的记载。如用水银治皮肤疾病，要比阿拉伯和印度早500至800年。
《本经》的问世，对我国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》、《新修本草》、《证类本草》、《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。但由于历史条件的限制，其中未免掺杂了少数荒诞不稽之说。如朴消“炼何服之，轻身神仙”，太一余粮“久服轻身飞行千里神仙”，泽泻“久服能行水上”，水银“久服神仙不死”等。这些唯心之说，与当时迷信方士（《辞海》1979年版方士条：“中国古代好讲神仙方术的人”）有一定的关系。对此，当本着去芜取精的精神，批判地继承其正确的内容。
《本经》原本早已散佚。现所见者，大多是从《证类本草》、《本草纲目》等书所引用的《本经》内容而辑成的。由于重辑者的着眼点和取材不同，因而各种辑本的形式和某些内容有一定的差异。常见的辑本有卢复辑 《神农本经》三卷，孙星衍、孙冯翼同辑《神农本草经》三卷，顾观光辑《神农本草经》四卷，森立之（日本人）辑《神农本草》四卷，王阎运辑《神农本草经》三卷，姜国伊辑《神农本经》一册，未分卷。这些辑本经重辑者的研究考证，基本上已接近原来的面目。 | 
